这之间唯一的例外就是以温德尔、曼施坦因为首的一众投诚军官。按照魔法帝国宪章，像他们这样的没有魔法能力的人，是不可能获得魔法帝国贵族身份的。但由于手下的魔法师缺乏能够统军之人，梅林和艾尔比，又不得不暂时借助他们的能力。
也正是因为如此，在新魔法帝国的军队中出现了相当搞笑的一幕。论职位，无论是温德尔还是曼施坦因，他们都是各自军队的最高指挥官；但论爵位，可能他们手下某个团里的小魔法师，就是魔法贵族身份。
如果路上遇到，小魔法师要先要向军队长官行军礼；然后，军队长官们要向他们行魔法师礼，以示对魔法和魔法帝国的尊重。
好在，不知道谁将这个情况汇报给了大执政官梅林，也许是为了笼络军官们的人心，梅林终止了这一奇葩的举动，并规定，将军们拥有等同于魔法贵族的身份。
而魔法帝国的军衔体系，基本上就是照搬了原圣何塞的体系，毕竟在这一点上，他确实不太了解。梅林的亲传弟子兰兰法师和艾尔比都有重大的工作要做，而出身圣何塞贵族世家、曾经有过一定军事经历的曾经的东方护~法、现在的布莱克魔法公爵，就成了可供选择的不多的军事人才。
在京都城内，梅林组建了魔法帝国军事参谋部，这其实也是照搬了圣何塞原先的制度，布莱克亲任参谋总长，然后他网络的一帮落魄贵族、投诚贵族就加入到参谋部来帮助筹谋军事。全魔法帝国的军事力量现在都归参谋部所有，参谋总长布莱克魔法公爵向梅林大执政官直接汇报。
在参谋部的领导下，温德尔将军、曼施坦因将军、蒙哥马利将军这样的人，才是真正统兵打仗的人。布莱克在参谋部所有成员的精心策划下，将目前魔法帝国在南方的军事力量，也就是多达二十万人的南方军团，分为了三个大的军团。
温德尔将军、蒙哥马利将军各自率领一个数量达到八万人的兵团，分别为帝国第一兵团、帝国第二兵团。每个军团又由五个军组成，分别为帝国第一军到帝国第十军。另外就是京都城内由曼施坦因领导的近卫军团，足足有五万余人。主要是由他自己的德西克骑兵外加在莫罗河畔俘虏的德西克士兵组成。这些人反而掌控了京都城的防卫工作。
后世的历史学家在研究的时候非常奇怪的一点，就是梅林大概是害怕圣何塞人所以才选用了德西克人作为自己的近卫，可是谁又能说德西克人不恨他呢。百思不得其解的历史学家不得不用魔法的原因来解释这件事，也许，梅林给这些军人都中了傀儡术了吧。
整合完的军队也有各自的任务。熟悉西部军务的温德尔将军负责商盟前线的进攻，他将率领他的第一兵团前出商盟，在适当的时机发起进攻。事实上，之前对商盟进行试探性进攻的军队就是温德尔安排的。而蒙哥马利将军则率领他的第二兵团驻扎在广阔的圣何塞腹地。他的军队分散的比较开，主要负责地方守备，也就是那些还不接受魔法帝国统治的贵族、平民以及躲藏在山林间的其余圣何塞士兵。
而在亚瑟会首统治下高度自治的魔法帝国-德西克地区，则同样在进行自己的军事改编，只不过，由于北方地广人稀，内乱中又杀了太多人，一时之间，亚瑟只能在北方凑出不过区区八万人的常备军。这一数量甚至还比不上峡谷西侧的德西克派遣军。
只是，魔法师，还是魔法师。魔法师的存在，让一支数量仅有自己一半的军队，变得恐怖异常。德西克派遣军在峡谷西侧按兵不动已经数月，佛洛里安和吉姆简直即使骑虎难下。商盟不接受他们，魔法帝国敌视自己，国内的反抗势力（注1）又要自己接受改编，真的是头疼。
注1：即贝兹莫尔大公和伊丽莎白在北方的势力。
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